정통과 이단을 구분하는 기준은 다양하다. 조직신학적으로 삼위일체 신론, 계시론, 구원론, 교회론, 종말론 등의 틀거리로 얘기할 수도 있고, 성서신학적으로 성경의 구절구절의 예를 적용하여 정통과 이단을 일일이 구분할 수도 있다. 그러나 이상의 틀거리는 방대한내용을 서술해야 하기에 우리는 여기에서 "삼위일체 신론"의 경우(*한국의 자생적인 이단의 경우는 구원론적 내용포함)와 "종말론"의 경우를 가지고 정통과 이단을 구분하려 한다.
정통의 척도를 가늠할 수 있는 것은 고대 '니케아-콘스탄티노플 공의회'에서 정립된 "삼위일체" 신조와 우리가 예배시간에 고백하는 "사도신경" 속에 잘 나타나 있다.
니케아공의회와 사도신경에서 결정된 "삼위일체론"에 따르면 성자 예수 그리스도는 성부 하나님과 함께 동등하며, 동일 본질이며 영원한 분이시라는 것이다. 또한, 이 예수 그리스도는 "참 하나님이면서 동시에 참 인간"(vere Deus, vere Homo)이라는 사실이다. 여기에 우리가 믿는 신앙의 본질이 있다. 예수 그리스도는 진짜 인간이기에 영으로 오셨거나 영으로 부활하신 것이 아니며, 성육신 하시고 육체의 부활과 함께 승천하셨기 때문에 진짜 하나님을 우리는 믿는다. 그리고 십자가에서 죽으시고 부활 승천하여 우리의 죄를 사하시고 구원자가 되신 그 예수 그리스도가 영광 중에 다시 오셔서(재림) 산 자들과 죽은 자들을 심판하실 것이라는 사실을 우리는 믿는다.
그리고, 니케아공의회와 사도신경 속에 등장하고 있는 삼위일체 하나님을 우리는 우리의 신앙대상으로 고백한다. 삼위일체 하나님이란 한 하나님이 세가지 모양으로 자신을 계시하신다고 하는 양태론적 하나님도 아니고, 그리스도가 성부 하나님에게 종속되었다는 것도 아니다. 또한 성령은 성부 하나님에게서 나오는 어떤 능력(power)이 아니라 우리가 고백하는 신앙 대상(성령 하나님)이라는 사실이다. 즉, 성부 성자 성령은 "영원하고 본질적으로 동일하며, 동등" 하며, 이 하나님을 우리의 신앙 대상으로 우리는 믿는다.
이상의 삼위일체론 외에도 우리는 종말론에 관하여 잠시 언급하지 않을 수 없다. 왜냐하면 우리 한국 교회의 이단 문제가 많이 발생하게 된 것이 바로 종말론에 관한 오해에서 비롯되었기 때문이다. 적어도 우리가 고백하는 신앙에 의하면, 예수 그리스도의 재림은 우리 인간에게는 감추어져 있고 우리는 다만 예수 그리스도의 부활에서 시작한 하나님 나라의 시작으로서의 교회 공동체를 섬기는 가운데, 다가올 하나님 나라(재림)를 기대하면서 그분의 명령을 준행할 뿐이라는 사실이다. 여기에서 우리가 주의하여 볼 것은 예수 그리스도께서 몸소 재림하신다는 사실이다.
이상의 삼위일체론과 종말론에 입각하여 우리는 몇몇의 이단들을 구분할 수 있다. 우리가 믿는 신앙은 삼위일체 하나님인 반면에 이단(통일교, 여호와의 증인, 몰몬교, 등)들은 삼위일체의 신앙고백을 거부한다.
통일교는 예수 그리스도의 구속 사역중에서 십자가의 죽음만을 말하고 부활은 말하지 않는다. 통일교는 십자가는 인간을 전적으로 노예됨으로부터 해방시키지 못하고 인간의 영혼만을 구속하셨고 인간의 육체구원은 실패하였다고 한다. 따라서 원죄를 그대로 지니고 있는 인간의 육체구원까지 완성하실 재림주가 만세에 와야 하는데, 바로 그 메시야가 새 피를 넣어 줄 문선명이라는 것이다. (이외에도 통일교는 구원론, 성경론, 천국관 등에서 정통 교리와는 다른 이단 사설을 가르친다.)
여호와의 증인은 삼위일체 하나님을 거부하고 여호와 유일신을 주장하며 그리스도가 피조물이라고 믿으며, 그리스도의 신성과 육체적 부활 등을 거부한다. 또한 이들은 예수 그리스도의 지상재림을 기대하지 않고, 여호와의 지상천국(천년왕국)을 믿는다. 즉, 사람이 죽으면 잠자는 상태에 들어가고 이들 가운데에 여호와의 호의를 입은 자들만이 천년왕국 때에 깨어난다는 것이고 불신자들에 대한 형벌은 멸망이라고 가르친다.
몰몬교 역시 니케아공의회의 삼위일체 하나님을 믿지 않는다. 이들은 다신론을 주장한다. 하나님은 하나가 아니고 여럿이며, 인간이 하나님이 될 수 있다고 믿어 몰몬교인이 죽으면 모두 신이 된다고 주장하며, 인간의 영혼 선재를 믿는다.
이상으로 외국에서 들어온 몇몇 이단들에 대해 살펴 보았는데, 이것 외에도 구원론, 교회론 등에서도 정통교회와 많은 차이를 나타내고 있다.
한국에서 자생한 여러 이단 및 사이비 종파들의 특징은 구원론과 종말론에 있다. 그 중에는 일명 구원파로 알고 있는 권신찬, 이요한, 박옥수씨가 있는데, 이들은 주로 구원론에 문제가 있는 것으로 '깨닫고 거듭나야 구원을 받는다' 면서 그 구원받은 시각을 알아야 한다고 주장한다. 이것은 깨달음은 믿음에서 오는 것이라는 우리의 믿음 곧, "하나님의 은혜 안에서 믿음으로 말마암아 주어지는 구원"과는 달리 깨달음 자체가 믿음의 전부라고 잘못 이해하고 있는데 그 원인이 있다. 또한 이들은 구원받은 자들은 회개할 필요가 없다고 주장한다. 그러나 이것은 구원을 위한 단 일회적인 회개와 성화를 위한 반복적인 회개를 구별하지 못한 것에 기인하며 죄에 대한 참된 통회와 회개는 믿음에서 온다는 것을 모르는 자들에 불과하다.
이상의 이단 외에도 김기동의 귀신론(양태론적 삼위일체 주장, 예수 그리스도의 신성을 부정하고 인성만 강조함), 박윤식의 대성교회(삼위일체를 거부하고 삼신론 주장, 이신칭의를 거부하고 자신의 교리를 통한 행위구원을 주장함), 이장림의 다미선교회(성경은 명백하게 예수님의 재림 시기는 아버지외에는 아무도 모른다고 한 반면에 이장림은 재림의 시기를 알 수 있다고 함), 이초석의 한국예루살렘교회(이신칭의를 거부하고 그에게 있어서 구원이란 인간을 억누르고 있는 귀신의 세력으로부터 자유하는 것이 구원이라고 함) 등이 있다. 그러나 이들에 대한 자세한 내용은 다 다룰 수 없기 때문에 여기에서는 위의 내용으로만 만족하려 한다.
이상으로 우리는 정통과 이단을 구분하는 기준으로 삼위일체 하나님을 말하였으며, 부분적으로 구원론과 종말론에 대하여 언급하였다. 적어도 우리가 고백하는 신앙은 우리가 매 주일마다 고백하는 사도신경으로 이것은 우리가 받아들이는 "복음"을 요약해서 말해준다고 할 수 있다. 따라서 우리가 정통과 이단을 구별하는 데는 사도신경에 나타난 신앙내용이 척도임을 알 수 있다.